GenPlay : un analyseur open-source et rapide de génomes

Développé par des scientifiques et librement disponible

Des scientifiques du collège de médecine Albert Einstein de l'université de Yeshiva de New York ont développé une application desktop d'analyse du génome (dont celui de l'humain).

Baptisée GenPlay, cette solution open-source fonctionne avec un navigateur et permet aux biologistes de rapidement et facilement analyser et traiter leurs données à haut débit.

Actuellement, les informations de l'ensemble du matériel génétique d'un individu ou d'une espèce sont codées dans son ADN. Elles sont analysées principalement par des spécialistes de l'information plutôt que par les biologistes qui eux s'occupent plus souvent de planifier des expériences et de produire ces données.

GenPlay a été créé avec pour objectif de fournir aux biologistes un outil convivial, qui peut les aider à visualiser, analyser et transformer leurs données brutes en informations biologiques pertinentes.

« Le premier génome humain a été séquencé il y a 10 ans par un consortium international à un coût de 7 milliards de dollars » note Eric Bouhassira co-créateur de GenPlay. « Mais aujourd'hui, un génome complet peut-être séquencé pour moins de 10 000 $ et peut-être moins de 1 000 $ dans quelques années. La baisse des coûts a entraîné la création d'une avalanche de données que les biologistes ont du mal à analyser. GenPlay est destiné à rendre facile pour les biologistes la compréhension de ces données ».

GenPlay est compatible avec les trois grands types de données à savoir : les données d'études d'expressions génétiques, les données épigénétiques et les données du polymorphisme nucléotidique (SNP).

Outre le fait que GenPlay est disponible pour tout un chacun (mais combien sauront s'en servir ?), c'est surtout l'illustration de la montée en puissance des capacités de traitement et la démocratisation des outils d'analyse de grandes masses de données qu'illustrent parfaitement cette application.

Et, en plus, pour une bonne cause.

GenPlay est téléchargeable sur cette page

Son code source est disponible sur celle-ci

Source

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